1897’de Mısır’ın Benderü’l-cîze kentinde doğdu. Ondokuz yaşında girdiği Dârü’l-ulûmi’l-ulyâ’dan 1921 yılında mezun oldu. Cambridge Üniversitesinde felsefe okudu ve burayı birincilikle bitirdi (1924). E.G. Browne, R.A. Nicholson, A.J. Arberry gibi şarkiyatçılardan istifade eden Afîfî, Muhyiddin İbnü’l-Arabî üzerine hazırladığı teziyle felsefe doktoru ünvanını aldı (1930). Ülkesine dönüp Kahire Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Felsefe bölümünde hocalık yapmaya başladı. 1940’ta doçent, 1943’te profesör oldu. Daha sonra aynı fakültede dekanlığa getirildi ve bu görevini 1957’ye kadar sürdürdü. Mısır Sanat ve Sosyal Bilimler Yüksek Konseyi üyeliğinde bulundu. 1966 yılında İskenderiye’de vefat etti.