İstanbul doğumludur. İTÜ Türk Müziği Devlet Konservatuvarı'nda 1 yıl Şan, 4 yıl Temel Bilimler eğitimi aldı ve aynı üniversitede 2 yıl Yüksek Lisans yaptı. Avusturya-Viyana Müzik Akademisi'nde Kompozisyon Eğitimi üzerine kurslara katıldı. İstanbul Üniversitesi Devlet Konservatuarı’nda 5 yıl Sanatçı Öğretim Üyesi olarak görev aldı. Ayrıca İstanbul Ticaret Üniversitesi'nde Radyo-TV yapımcılığı ve yönetimi dersleri verdi. Sanatçının 8 albüm çalışması bulunmaktadır. Genellikle kendi bestelerini seslendiren sanatçı, Türk Halk Müziği öğeleri ile çağdaş müzik unsurlarını yan yana getiren çalışmalarıyla tanınıyor. Çalışmaları, senfonik folk ve folk pop türünde nitelendiriliyor. Radyo ve Televizyon programlarıyla da tanınan Ataer, Kanal 6, Radyo Barış, Cem Radyo, Radyo Cumhuriyet, Kent Radyo gibi yayın kuruluşlarında program yapımcısı, yayın koordinatörü ve sunucu olarak görev yaptı. 8 yıl TRT'de "Türkü Şöleni" adlı programı (356 bölüm) hazırlayıp sundu. TRT INT'te "Sözüm Türkçe Üstüne" adlı programın da sunuculuğunu yaptı. Ataer, 2006 yılı Ocak ayından itibaren 2 yıl TRT Radyo 4'te "18'den 20'ye" adlı programı, 4 yıl TRT FM'de "Ekrem Ataer'le Geceye Doğru", "Ekrem Ataer'le Hareket Zamanı", NTV Radyo'da "Ekrem Ataer'le Türküler Dolusu" adlı programları hazırlayıp sundu. Ataer'in ödüllü belgesellerde de imzasına rastlıyoruz (Balkanlarda Göç, Avludaki Küçük Adımlar, Rumeli, Atatürklü Yıllar vb.). Yazın ve müzik alanında birçok ödül almış olan sanatçı, 2003 yılında Altın Objektif Müzik Eğlence ödülüne layık görüldü (MGD). Hemen hemen Avrupa'nın tamamında konserler veren sanatçı, 1997 yılında Uluslararası İstanbul Bienali'nde de orkestrasıyla birlikte sahne aldı. Sanatçı, 2005 yılından itibaren kendi kurduğu, ülkemizin en büyük "Halk Korosu"nu yönetiyor. Şişli Belediyesi bünyesinde çalışan ve toplam 600 kişilik olan koroyla birçok konser verdi.
Sanatçının ayrıca 105 bestesi ve 4 bölümlü Hacıbektaş Oratoryosu, 6 senfonik türkü bestesi, 2 film müziği, 5 belgesel film müziği, 16 çocuk şarkısı ile bir de tiyatro müziği bulunmaktadır.