İlk ve orta eğitimini İstanbul'da, üniversite lisans eğitimini Paris I Pantheon-Sorbonne Üniversitesi'nde tamamladıktan sonra sosyoloji doktorasını Ecole des Hautes Etudes en Science Sociales'de yaptı. 1984'le 1989 arasında Harvard Üniversitesi'nde öğretim görevlisi olan Kastoryano, 1989'dan beri Fransa Ulusal Araştırmalar Merkezi'nde araştırmacı. Çalışmalarını Osmanlılarda ve Türkiye Cumhuriyeti'nde azınlık konusundan türeyen kimlik sorunları, azınlık ve cemaat yapılarının devletlerle ilişkileri ve Almanya, Fransa ve Amerika'da göç ve azınlık politikalarının karşılaştırmalı çözümlemeleri konularında sürdürüyor.